El Rab Isaac Aboab de Fonseca nació en 1605 en la localidad de Castro Daire, Portugal. Su nombre original era Simão da Fonseca. Sus padres eran «marranos», judíos que habían sido convertidos por la fuerza al cristianismo. Cuando Isaac tenía siete años, su familia se trasladó a Amsterdam. Muchos judíos que durante más de un siglo habían practicado el judaísmo en secreto para escapar de la inquisición, emigraron a los Países Bajos donde en 1596 se había declarado la libertad de culto, algo inconcebible hasta ese entonces en la Europa cristiana. Allí crearon una comunidad que fue muy próspera en todo sentido y pudieron finalmente practicar su religión abiertamente. Simão pasó a llamarse Isaac, con su antiguo apellido judío: Aboab (también se escribe «Abohab»). En Amsterdam el Rab Aboab estudió con uno de los pocos rabinos que en ese entonces estaban en la ciudad: el rab Isaac Uziel, oriundo de Fez, en Marruecos. A los dieciocho años fue nombrado rabino (jajam) de la comunidad Beth Israel, una de las tres comunidades sefaradíes que existían en ese momento en Amsterdam. En 1638 fue asignado como uno de los cuatro rabinos (Jajamim) de la comunidad principal de Amsterdam llamada «Talmud Torá».
En esos años los Holandeses colonizaron Brasil. Y muchos judíos de la comunidad de Amsterdam, que eran grandes empresarios del comercio internacional, se mudaron a la ciudad de Recife, en la zona de Pernambuco. En 1641, el Rab Isaac Aboab de Fonseca fue enviado a Recife como rabino de la flamante comunidad «Kehal Zur Israel» en esa ciudad , que fue la primera comunidad judía en el continente Americano. El Rab Aboab fue entonces el primer rabino oficial que ejerció en el continente americano. La mayoría de los habitantes de esta ciudad eran judíos de Amsterdam. En Recife el Rab Aboab desarrolló una congregación modelo, inspirada en la comunidad judía de Amsterdam: «Kehal Zur» , que se estima que tenía como 5.000 miembros, contaba con una Sinagoga, un Mikvé y una Yeshibá donde el rab Aboab impartía clases de Torá, particularmente de Talmud.
Fueron pocos los años de prosperidad para los judíos de Recife.
En 1645, un jesuita portugués, Joam Fernandes Vieyra, convenció al rey de Portugal de recuperar Recife porque «esa ciudad está habitada principalmente por judíos, la mayoría de los cuales son originalmente fugitivos de Portugal… tienen sus sinagogas abiertas allí, para escándalo de la cristiandad. Por el honor de la fe, por lo tanto, los portugueses deberían arriesgar sus vidas y sus propiedades para sofocar tal abominación». En 1646, Vieyra y su ejército atacaron Recife. Vieyra ofreció protección a los judíos de la ciudad con la condición de que no participaran en la batalla. La comunidad judía rechazó por unanimidad su oferta y tomó las armas junto con sus camaradas holandeses.La batalla continuó por nueve años y durante este prolongado tiempo, los judíos de Recife sacrificaron su comida, sus bienes y sus vidas en defensa de su libertad religiosa. En un poema que escribió más tarde, el rabino Aboab registra la terrible experiencia de su congregación: «
Muchos de los inmigrantes judíos fueron asesinados por el enemigo; muchos murieron de hambre. Los que estaban acostumbrados a las delicias se regocijaban de poder saciar su hambre con pan seco; pero pronto no pudieron obtener ni siquiera esto. Les faltaba todo y sus vidas se preservaron por milagro «. Es el texto hebreo más antiguo conocido escrito en América que ha sobrevivido hasta nuestros días.
Los Portugueses, al alcanzar la victoria, permitieron una rendición honrosa a todos los holandeses, pero no a los judíos, a quienes se les ordenó convertirse al cristianismo. Varios judíos pudieron escapar a tiempo para evitar la conversión forzosa, entre ellos los 24 judíos que luego de una increíble travesía, llegaron en 1654 a la ciudad de New Amsterdam, conocida hoy como New York, y fundaron la primera comunidad judía en Norte América. El Rab Aboab también logró escapar sano y salvo y regresó a Amsterdam, donde fue nombrado gran rabino de la comunidad sefaradí de esa ciudad. En 1656, fue uno de los rabinos que excomulgaron a Baruj Spinoza.
Los problemas en la comunidad de Amsterdam no terminaron. Durante los años 1664-1666 comenzó un movimiento mesiánico alrededor de Shabetai Zevi. La historia de este falso Mashiaj es también muy complicada y larga de contar, pero digamos que en ese entonces la mayoría de los rabinos del mundo, Sefaradim y Ashkenazim, creían que Shabetai Zevi era el verdadero Mesías. Y aunque no fue militante, el Rab Aboab tampoco fue una excepción. En 1666 cuando el Sultán turco le dio a elegir a Shabetai Zevi entre la muerte y la conversión al Islam, éste decidió convertirse. Recién entonces, finalmente, los judíos entendieron que habían sido víctimas de un gigantesco engaño. Las consecuencias para la comunidad judía mundial fueron devastadoras. Pero a pesar de todos estos problemas la comunidad judía de Amsterdam floreció, creció y produjo, entre otras cosas, cientos de Talmidé Jajamim que sirvieron la comunidad y escribieron literalmente miles de libros en español y en portugués.
El rab Aboab escribió un libro de gramática hebrea que aún no se ha publicado «Melejet ha-Diqduq. También tradujo del español al hebreo (sic.) el libro de Qabbalá escrito por el rabino Abraham HaCohen Herrera, llamado «La Puerta del Cielo», en hebreo «Shaar haShamayim».
Murió en Amsterdam el 4 de abril de 1693, a la edad de 88 años.
